Erhalt der reichen Ufervegetation; Schutz der Avifauna sowie der Libellenfauna mit zahlreichen gefährdeten Arten. 

Der Wilslebener See entstand nach dem Stillegen eines Braunkohlentiefbaufeldes. In der Folge bildete sich an der Oberfläche eine wassergefüllte Senke. Der See liegt am Rand der "Seeländereien", einem trockengelegten und urbar gemachten subrosiven Senkungsgebiet. Die Einstellung der Tagebauentwässerung in Nachterstedt und Königsaue hat den Anstieg des Grundwassers im Gebiet und damit auch des Wasserspiegels im Wilslebener See zur Folge.

In offenen Wasserflächen sind verschiedene Schwimmblattgesellschaften anzutreffen. Der See wird von einem großen Schilfgürtel gesäumt. Feuchte Staudenfluren schließen sich an. Weite Flächen des NSG sind mit Landreitgras- und Ruderalfluren besiedelt.
Im Randbereich des Sees stocken Erlenbruch- und Auenwaldreste.
Südwestlich des Hauptgrabens befindet sich ein größerer Wiesenkomplex. Dichte Gehölz- und Gebüschbestände aus Pappeln und Weiden bilden den Übergang zur landwirtschaftlichen Nutzfläche.

Die ausgedehnten Schilfflächen bieten zahlreichen Vogelarten Lebensraum. Hervorhebenswert aus der Gruppe der Brutvögel sind:

• Haubentaucher (Podiceps cristatus),
• Große Rohrdommel (Botaurus stellaris),
• Höckerschwan (Cygnus olor),
• Tafelente (Aythya ferina),
• Reiherente (Aythya fuligula),
• Wasserralle (Rallus aquaticus),
• Teichhuhn (Gallinula chloropus),
• Kiebitz (Vanellus vanellus),
• Flußregenpfeifer (Charadrius dubius),
• Rohrweihe (Circus aeruginosus),
• Beutelmeise (Remiz pendulinus),
• Schilfrohrsänger (Acrocephalus schoenobaenus),
• Teichrohrsänger (Acrocephalus scirpaceus) und
• Drosselrohrsänger (Acrocephalus arundinaceus).

Insbesondere im Herbst dienen die Schilfgürtel als Rastplatz für

• Berghänfling (Acanthis flavirostris),
• Rohrammer (Emberiza schoeniclus),
• Rauchschwalbe (Hirundo rustica),
• Mehlschwalbe (Delichon urbica),
• Schafstelze (Motacilla flava),
• Bachstelze (Motacilla alba),
• Wiesenpieper (Anthus pratensis),
• Wasserpieper (Anthus spinoletta),
• Star (Sturnus vulgaris) und
• Bartmeise (Panurus biarmicus.

Durchzüglern und Wintergästen bietet der Wilslebener See ebenfalls gute Bedingungen. Zu beobachten sind nahezu alle bei uns auftretenden Entenvögel und Laro-Limikolen, darunter ausgesprochen seltene Gäste wie Zwergschwan (Cygnus columbianus), Uferschnepfe (Limosa limosa) oder Zwergseeschwalbe (Sterna albifrons).

Zu den heimische Lurcharten gehören u. a. Knoblauchkröte (Pelobates fuscus) und Moorfrosch (Rana arvalis).

Im NSG kommen über 20 Libellenarten vor. Eine Besonderheit im nordöstlichen Harzvorland ist die Keilfleck-Mosaikjungfer (Aeshna isosceles).

Stabile Populationen gebildet haben

• Fledermaus-Azurjungfer (Coenagrion pulchellum),
• Frühe Adonislibelle (Pyrrhosoma nymphula),
• Gemeine Smaragdlibelle (Cordulia aenea ) und
• Kleine Mosaikjungfer (Brachytron pratense).